2000-2009

2000年

1月11日，中国外交部发言人就菲律宾军方日前在黄岩岛附近海域驱逐中国6艘渔船一事，回答记者提问时指出：黄岩岛是中国领土，长期以来，中国渔民一直在黄岩岛附近从事正常的捕鱼作业。菲方的行径严重干扰中国渔民的和平生产活动，中方对此予以强烈关注。

1月28日，中国台湾当局成立“海岸巡防署”，隶属行政院，负责巡防各港口、沿岸地区、离岛、领海、邻接区及专属经济区等。2月1日，海巡署宣布成立“南沙指挥部”,正式接管太平岛防务。

5月，在南海作业的中国海南省“琼海01068号”渔船，因发动机出现故障，漂至菲律宾巴拉望岛附近海域，遭到菲海岸警卫队围追和枪击，船长当即中弹身亡，7名船员被扣。中国外交部向菲方提出严正交涉，菲律宾释放中国渔民，但拒绝赔偿。

9月26日，中国国家主席江泽民在北京会见越南总理潘文凯时表示，希望双方在边界问题上继续以大局为重，尽快达成协议，争取年内解决北部湾划界问题。

12月25日，中越两国在北京正式签署《中华人民共和国和越南社会主义共和国关于两国在北部湾领海、专属经济区和大陆架的划界协定》及《中华人民共和国政府和越南社会主义共和国政府北部湾渔业合作协定》。

12月15日，越南不顾中国的交涉和反对，向外国公司颁发了南海南昆山气田开采项目和输气管道项目的许可证。

2001年

中国国家测绘局编制了《中国国界线画法标准样图》（1:1000000）。据此测算，南海断续线内海域面积约为200万平方公里。

4月1日，一架美国海军EP-3型侦察机在中国海南岛附近海域上空执行侦查任务，中国海军航空兵派出2架歼-8II战斗机进行监视和拦截其中一架僚机在中国海南岛东南约70海里（110公里）处的中国专属经济区上空与美军飞机发生碰撞而坠毁，飞行员王伟跳伞后下落不明，英勇牺牲。美军侦察机在海南岛陵水机场迫降。

5月，太平洋海啸预警系统政府间协调组第24次会议通过中国提出的“建立南中国海区域海啸预警与减灾系统”的建议。6月，政府间海洋学委员会第26次大会以决议的形式正式通过了上述建议。

7月，在河内召开的东盟外长会议发表联合公报，欢迎中国与东盟磋商建立行为准则，以缓和南海地区的紧张局势，并鼓励争议各方继续采取自我克制与在此地区建立信任的措施。

12月2日，中越发表联合声明，指出两国签署陆地边界条约、北部湾划界协定和北部湾渔业合作协定是具有重大意义的事件。双方将加快完成北部湾渔业合作协定的有关后续谈判工作，使北部湾划界协定与渔业合作协定尽早一并生效。

2002年

9月14日，中国全国人大常委会与菲律宾众议院就南海问题发表联合新闻公报，双方重申将继续致力于通过和平友好的方式，寻求解决两国及有关国家在南海问题的分歧。

11月4日，中国与东盟国家在柬埔寨金边举行的第八届东盟首脑会议上签署了《南海各方行为宣言》。

2003年

6月，越南和印度尼西亚签订大陆架划界协定，协定界限侵入中国管辖海域约35，000平方公里。中国对此提出交涉。

6月28日，中国第十届全国人大常委会第三次会议通过决定，批准加入《东南亚友好合作条约》及其两个修改议定书。10月，中国在印度尼西亚巴厘岛举行的第7次东盟与中国（10+1）领导人会议上正式加入该条约，并与东盟签署了《中国东盟战略伙伴关系联合宣言》，与东盟建立“面向和平与繁荣的战略伙伴关系”。

2004年

6月，中国全国人大常委会和越南国会先后分别批准了《中华人民共和国和越南社会主义共和国关于两国在北部湾领海、专属经济区和大陆架的划界协定》及《中华人民共和国政府和越南社会主义共和国政府北部湾渔业合作协定》。6月30日，两协定同时生效。

9月1日，中国海洋石油总公司与菲律宾国家石油公司签署了《在南中国海部分海域开展联合海洋地震工作协议》，在双方争议地区联合开展油气资源勘探。2005年3月，越南同意加入中方合作。

10月，中国海事局与菲律宾海岸警卫队在马尼拉举行了首次中菲联合搜救沙盘演习。

11月29日，中国总理温家宝会见马来西亚总理巴达维时表示，中方愿在相互尊重、平等互利的基础上，与马方探讨在南海争议海域开展共同开发的途径和方式。巴达维表示理解温家宝就共同开发南海争议海域提出的原则，马方愿与中方就这方面的合作进行探讨。